La prescripción por principio activo implica que en la oficina de farmacia se deberá dispensar el medicamento a menor precio dentro de los que contengan el mismo principio activo que el prescrito, la misma dosificación y la misma vía de administración. El farmacéutico solo estará obligado a cambiar el medicamento prescrito cuando éste no sea de los de menor precio y el médico no haya justificado la necesidad terapéutica de ese medicamento concreto.

La inmensa mayoría de los medicamentos han bajado sus precios para igualarse al precio menor, por lo que no será necesario cambiar el medicamento que los pacientes están tomando. De este modo, queda garantizada la continuidad de los tratamientos que estén tomando los pacientes. Sólo en los casos excepcionales en los que el médico prescriba un medicamento que sea más caro que sus iguales (de la misma agrupación homogénea) y no justifique su necesidad terapéutica, el farmacéutico estará obligado a sustituirlo por otro medicamento con el mismo principio activo, misma dosis y misma vía de administración.

Por lo tanto, el médico siempre podrá prescribir al paciente el medicamento que considere más apropiado, tenga el precio que tenga, siempre que exista una necesidad terapéutica justificada. En estos casos, la Comisión Permanente de Farmacia del Consejo Interterritorial del Sistema Nacional de Salud ha acordado que en las recetas oficiales en formato papel el médico consigne la anotación de «necesidad terapéutica» avalada con su firma, lo que posibilitará, en cualquier oficina de farmacia del Estado, la dispensación del medicamento prescrito.