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CovidTag, la web para el seguimiento de las variantes del SARS-CoV-2 en España

La página web CovidTag, diseñada por IrsiCaixa, está abierta al público y permite visualizar la frecuencia de las últimas variantes del SARS-CoV-2 en todas las comunidades autónomas españolas y cuantificar el número total de muestras secuenciadas por territorio.

El Instituto de Investigación del Sida IrsiCaixa, centro impulsado conjuntamente por la Fundación “la Caixa” y el Departamento de Salud de la Generalitat de Catalunya, ha creado una nueva página web que proporciona una visión detallada de cómo las variantes del SARS-CoV-2 van evolucionando en las diferentes comunidades autónomas españolas. La herramienta, llamada CovidTag, es accesible al público y permite obtener el número total de muestras secuenciadas en cada región. La actualización semanal de la información es posible gracias a la base de datos de GISAID, una plataforma que ofrece datos genómicos globales relacionados con el SARS-CoV-2.

“Desde el inicio de la pandemia hasta ahora se han secuenciado en España más de 20.000 muestras de SARS-CoV-2”, explica Marc Noguera-Julian, investigador asociado a IrsiCaixa y co-creador de CovidTag. “El objetivo de esta nueva página web es compartir con todo el mundo y en directo la situación actual de la pandemia en España, haciendo un seguimiento geográfico de las diferentes variantes que van apareciendo”, añade.

Comunidad a comunidad
CovidTag permite comparar la evolución de las variantes del SARS-CoV-2 entre las diferentes comunidades autónomas españolas, así como contrastar la situación de una comunidad con la del Estado en general. Los datos, que provienen de la base de datos de GISAID, se actualizan semanalmente, y eso permite a CovidTag proporcionar una imagen vigente de la situación pandémica del país.

“La cantidad de muestras secuenciadas puede ser muy dispar entre comunidades autónomas, y eso hay que tenerlo en mente a la hora de interpretar las frecuencias de las variantes en cada región”, remarca Francesc Català, data engineer en IrsiCaixa y co-creador de CovidTag. “De esta manera, cuantas más muestras haya secuenciado una comunidad autónoma, más representativa será la prevalencia de cada variante en aquel territorio”, aclara. De hecho, en comparación con el inicio de la pandemia, se observa un aumento en el número de genomas del SARS-CoV-2 secuenciados en España.

Gracias a esta nueva herramienta desarrollada por investigadores de IrsiCaixa es posible ver cómo las nuevas variantes que van apareciendo van desplazando a las anteriores. Actualmente, por ejemplo, vemos cómo la variante B.1.177 (según la nomenclatura de PANGO lineages), que es la que predominaba en España a lo largo del 2020, está perdiendo presencia a favor de la variante B.1.1.7, conocida como “variante británica”. Por otro lado, también se observa que Navarra es la comunidad autónoma que más muestras está secuenciando por habitante, y Cataluña s la región con más muestras totales secuenciadas de todo el territorio español.

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