Desde su implantación se ha caído el sistema, llegando a impedir el trabajo de los profesionales durante una jornada completa. De hecho, dicho programa no ha desarrollado un pilotaje previo. Además, la Mesa de AP ha puesto de manifiesto la falta de formación de los médicos que tienen que usar este programa.

Los representantes de este órgano asesor de la Junta han señalado asimismo que la Consejería de Sanidad ha implantado el programa de forma rígida, según dicta la Ley, sin tener en cuenta que exige a los médicos cumplimentar datos laborales del paciente de los que no dispone (empresa, mutua y código de ocupación). En esta misma línea, apuntan que el citado programa, aunque disminuye la frecuencia de emisión de los partes de confirmación, aumenta la carga burocrática de los profesionales al exigir numerosos informes complementarios sin valor clínico.

Por último, la Mesa de Atención Primaria considera un error que el programa IT-WEB pueda emitir el parte de alta sin que intervenga su médico de AP si no acude el paciente a la consulta. Y, se queja de que en algunos supuestos la decisión de la baja tenga que ser autorizada previamente por el inspector, quitando competencias al médico de AP. Eso sin olvidar que el actual formato de la aplicación informática imposibilita su implantación en el ámbito hospitalario.